課程內(nèi)容：

基因組學(xué)的研究處于生物學(xué)的前沿。當(dāng)前的實驗技術(shù)產(chǎn)生了大量的數(shù)據(jù)，計算分析對于理解這些數(shù)據(jù)是必要的。這門課涵蓋了基因組數(shù)據(jù)計算分析的廣泛方法。學(xué)生將學(xué)習(xí)各種不同的基因組分析方法背后的理論，并了解當(dāng)前使用的關(guān)鍵工具，從而為正確使用現(xiàn)有方法以及開發(fā)分析基因組數(shù)據(jù)的新方法做準(zhǔn)備。學(xué)生還將有機會在研討會和作業(yè)中運用學(xué)習(xí)到的技能，使用現(xiàn)有的計算基因組學(xué)工具和編寫自己的定制Python函數(shù)。

本課程涵蓋了幾種重要形式的基因組數(shù)據(jù)的計算分析方法。主題涉及計算資源管理、可重復(fù)的研究原理、基因組學(xué)工作流程、序列比對、基因組注釋、并行計算、宏基因組學(xué)和單細胞測序。實際工作涉及用Python代碼編寫生物信息學(xué)函數(shù)，訪問基因組學(xué)數(shù)據(jù)倉庫和使用流行的命令行工具。

學(xué)習(xí)成果：

完成本課程后，學(xué)生應(yīng)該能夠：

1、使用和操作計算基因組學(xué)中使用的一系列數(shù)據(jù)格式；

2、識別和描述處理基因組數(shù)據(jù)的常用計算方法，并適當(dāng)?shù)剡M行應(yīng)用；

3、討論支持計算基因組分析的各種算法的優(yōu)缺點；

4、使用課程中討論的工具和方法為新場景設(shè)計分析工作流程；

5、編寫簡單的Python程序，使用編程庫完成計算基因組學(xué)任務(wù)；

6、描述計算基因組學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域的當(dāng)前研究問題；

7、解釋計算基因組學(xué)在解決現(xiàn)代生物學(xué)挑戰(zhàn)中的作用。

課程評估：

1、編程作業(yè)1，10%。

2、編程作業(yè)2 & 3，各占15%，共30%。

3、Take home exam，20%。

5、期末考試，2小時，40%。