課程內(nèi)容：

獲得高通量數(shù)據(jù)的技術(shù)進(jìn)步刺激了生物信息學(xué)新計(jì)算方法的發(fā)展。這門課將涵蓋生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析中的核心計(jì)算挑戰(zhàn)。課程涵蓋了用于解決這些問(wèn)題的重要算法方法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，以及隨著這些問(wèn)題規(guī)模的增加而出現(xiàn)的挑戰(zhàn)。

課程涵蓋了生物信息學(xué)中使用的關(guān)鍵算法，重點(diǎn)是基因組學(xué)。主題涉及：序列比對(duì)(動(dòng)態(tài)算法和seed-and-extend)、基因組組裝、變異檢測(cè)、系統(tǒng)發(fā)育重建、基因組間隔、算法的復(fù)雜性和正確性、基因組數(shù)據(jù)的聚類和分類、數(shù)據(jù)簡(jiǎn)化和可視化。課程假設(shè)學(xué)生有編程經(jīng)驗(yàn)，并且熟悉基因組學(xué)的基礎(chǔ)。

學(xué)習(xí)成果：

完成本課程后，學(xué)生應(yīng)該能夠：

1、理解生物信息學(xué)數(shù)據(jù)表示；

2、描述常見生物信息學(xué)分析提出的計(jì)算挑戰(zhàn)；

3、應(yīng)用用于解決生物信息學(xué)問(wèn)題的重要算法；

4、設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)算法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)來(lái)解決生物信息學(xué)中的關(guān)鍵問(wèn)題；

5、設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)算法問(wèn)題解決工具，可以應(yīng)用于各種生物信息學(xué)任務(wù)；

6、理解算法的計(jì)算復(fù)雜性所帶來(lái)的可行性限制；

7、學(xué)習(xí)從數(shù)據(jù)中提取信息和可視化分析結(jié)果的技術(shù)。

課程評(píng)估：

1、大約在第4、8和11周提交三份作業(yè)，40%。

2、考試第1周交一份家庭作業(yè)，20%。

3、期末考試，2小時(shí)，40%。